La gestion des portefeuilles de titres est définie dans la charte d'investissement avec ses deux annexes pour le portefeuille de trésorerie et le portefeuille des fonds universitaires. Ce document approuvé par le Recteur contient notamment :

• les  buts,
• la philosophie d’investissement,
• l’univers et l'horizon d'investissement,
• l’allocation stratégique et la gestion tactique des actifs,
• les mesures de performance,
• l’organisation,
• les responsabilités du Recteur, du Conseiller financier indépendant, de la Division comptabilité et gestion financière, du Comité de surveillance, des Gérants externes.

L’Université s’est dotée d’un Comité de surveillance dont les missions principales sont, d’une part, de conseiller le Recteur dans l’organisation et les modalités de gestion des portefeuilles, ainsi que dans la définition de la politique d’investissement et, d’autre part, de veiller à la conformité de la politique d’investissement au regard des buts et principes définis dans les chartes de placement.

Les décisions d’investissement sont du ressort du Recteur.

Le Recteur et le Comité de surveillance bénéficient des avis et recommandations d’un Conseiller financier indépendant.

Les  produits financiers sont constitués des bénéfices latents, des dividendes et intérêts nets, des bénéfices sur ventes de titres.

Les charges financières sont constituées des frais de gestion, des agios, des pertes latentes, des pertes sur ventes de titres.

De ce résultat financier, il faut encore  déduire les frais d’infrastructure DIP.

Le résultat financier disponible doit être utilisé en priorité pour ajuster  la réserve affectée à la couverture du risque de variation de valeur des portefeuilles.

Après ajustement de la réserve, sur proposition de la Division comptabilité et gestion financière, le Recteur décide du taux de rémunération des fonds de recherche et des fonds universitaires avec charte. Pour des raisons de gestion prudente, le taux de rémunération est en principe déterminé en ne se fondant que sur les rendements réalisés du portefeuille, excluant en conséquence les gains et les pertes latentes. Il doit être déterminé de manière à assurer une certaine prévisibilité pour les titulaires de fonds de recherche, c'est-à-dire en réduisant la volatilité du taux de rémunération.

Pour cela, une réserve de dividende est constituée dans les années de bonne conjoncture boursière. Cette dernière est utilisée dans les années de mauvaise conjoncture boursière.

La répartition des intérêts des portefeuilles de trésorerie et des fonds universitaires avec charte est fondée sur le taux de rémunération arrêté par le Recteur, ainsi que sur le solde moyen annuel des fonds concernés. Les intérêts sont imputés dans les fonds propres affectés des titulaires concernés au cours du deuxième trimestre de l'année n+1.