Les overheads couvrent les frais de gestion et d'infrastructure des fonds institutionnels; ils sont fixés à 9 %, à l'exclusion de la faculté de Médecine pour laquelle un taux de 13 % est appliqué.

Sont concernés, les versements supérieurs à CHF 10'000.-- hors taxe, ci-après HT, ou CHF 10'770.-- toutes taxes comprises, ci-après TTC, provenant :

• d'accords de collaboration en matière de recherche,
• de mandats de service,
• de subsides,
• de prestations facturées à des personnes externes à l'Université.

Ne sont pas concernés, les versements provenant :

• du Fonds National Suisse,
•  du Fonds Général,
• de fondations d'utilité publique,
• de dons et de legs,
• de la formation continue,
• des inscriptions à des conférences ou à des congrès,
• de Pôles de Recherche Nationale, NCCR,
• des prestations facturées à des tiers ou de contrats de mandat inférieurs à CHF 10'000.-- HT / CHF 10'770.-- TTC. En cas de versement par tranche, le total des tranches doit être inférieur à CHF 10'000.-- HT / CHF 10'770.-- TTC,
• de Swissuniversities et des projets financés par cette dernière.

Le prélèvement des overheads est calculé sur la base du montant versé par le bailleur après déduction de la TVA. A noter que la Faculté de Médecine retient un taux complémentaire de 4 % (2 % pour le département et 2 % pour la Faculté).

Pour illustrer cette règle, voici un exemple :

En principe, le prélèvement des overheads est comptabilisé lors du versement.

Le document Calcul des overheads permet de chiffrer :

• le prix de vente d'une prestation, en tenant compte des overheads et de la TVA,
• le montant disponible pour la recherche après déduction des overheads et de la TVA éventuelle.

A l'exception des fonds Marie Curie sans overhead, le prélèvement des overheads est effectué au moment de l’établissement des rapports financiers périodiques. Il est défini par la Commission de recherche de l'Union européenne. Il est ensuite réparti selon la clef suivante :

Les demandes de dérogation doivent être motivées et adressés par écrit à la division comptabilité et gestion financière, service de la comptabilité. Le service de la comptabilité préavise les demandes. La décision de dérogation est prise par le Recteur.
En principe, les dérogations sont octroyées lorsque la réalisation des projets n'induit pas de coûts indirects de gestion et d'infrastructure. Le fait que le/la bailleur-se refuse de financer les coûts indirects ne constitue en principe pas un motif automatique d'exonération de prélèvement d'overheads.